体育健康学院的前身为运动康复系、体育教研部。

2002年成立体育教研部。

2011年开始建设长沙医学院体育馆和田径场，体育馆2014年投入使用；田径场2016年投入使用。

2016年，运动康复系成立后新成立运动康复教研室，并开始筹建运动综合实验室，以满足运动康复专业的实验教学需要。2017年12月，为扩大实验室建设，实现专业课程教学、科研、实训等多功能的综合实训平台。提出与临床学院康复治疗专业共建实验室计划，于2018年5月正式更名为康复技能实训中心。

2019年更名为体育健康学院后设置的教学科研机构有：运动康复教研室、体育教育教研室、公共体育教研室、综合教研室、艺体教研室、康复技能实训中心、体育场馆中心、体质健康测试中心。

截止到2019年8月，体育健康学院全院教职工人数为54人，其中正高3人、副高16人、具有高级职称的教师19人，占 35.19%，具有博士、硕士学位教师人38，占 70.37%；55 岁以下的中青年教师39人，占 97.5%