长沙医学院的前身为湘南医学高等专科学校，2001年从衡阳搬至长沙，2002年招收第一届药学专科学生，设立由药学、检验、公卫3个专业共同组成的检验药学公卫系，2005年药学专业升本成功，2005年招收第一届药学本科专业学生。

2006年检验药学公卫系分别成立“公卫系”与“检验药学系”，2007年正式设立药学系，2012年学校本科教学工作合格评估，2014年药学系升格为药学院。 药学院现有药物化学、药理学、药剂学、生药学、药物分析5个教研室，1个药学中心实验室，1个重点实验室培育基地。

2001年检验药学公卫系，陈正炎同志任主任，马建中同志任副主任。

2006年检验药学系，陈正炎同志任主任，马建中同志任副主任。

朱绍雄同志任药化教研室主任和药学实验室主任，黄明秋同志任药剂教研室主任和黄明秋同志任药学实验室副主任，周畅同志任药理教研室主任， 2007年肖志勇同志任药学实验室副主任，肖海英同志任生药学副主任。

2007年药学系，周畅同志任主任，鲍美华同志任副主任，2008年马宁同志任副主任。

2008年药学系党支部建立，鲍美华同志任支部书记，2010年药学系党总支建立，肖志勇同志任党总支副书记。

2012年马宁同志任药学系主任，鲍美华同志任副主任，肖志勇同志任党总支副书记。

2014年药学院建立，马宁同志任院长，鲍美华同志任副院长，肖志勇同志任党总支副书记。

2016年药学院马宁同志任院长，徐雄波同志任副院长，肖志勇同志任党总支副书记。

2018年药学院马宁同志任院长，肖志勇同志任党总支书记，王建芬同志任副院长，李海刚同志任副院长。

药学院历年来所获得的集体荣誉：

2011年获得湖南省先进基层党组织称号

2011年获得湖南省五四红旗团总支称号

2012年获得学校本科教学工作合格评估先进集体称号

2013年药物分析教研室获得学校先进集体称号

2014年获得学校先进集体称号

2015年获得学校系级评估一等奖称号

2016年获得学校系级评估三等奖称号，学校辅导员技能大赛一等奖

2017年获得学校三育人先进集体称号

2018年获得学校系级评估二等奖称号

2011-2018年获得学校先进基层党组织称号