2002年成立药学系，是长沙医学院成立最早的院系之一，开设药学、药物制剂专业，2010年9月成立院党总支，2023年9月成立党委，2012年成立药学院，2015年增设药物分析专业，2018年增设中药学专业。经过20年发展建设，目前药学院开设药学、药物制剂学、药物分析学、中药学4个本科专业和药学、药品经营管理2个专科专业。设置院办、党办、学工办等行政办公室，药物分析学、药物化学、药剂学、中药学、药理学5个专业教研室和1个药学（中药）实验中心。

目前在院师生约1753人，学院现有教师89人，博士比88.24%，高级职称比70.59%，35-60岁教师比95.59%。

学院积极探索适应经济与社会发展的人才培养模式联合九典制药、科伦药业、赛隆药业、益丰大药房、华腾制药、华纳大药厂等40家医药企业作为实践教学基地，针对学生职业个性化发展与企业用人需求，为企业培养了应用型人才；同时与湖南省中医药研究所、湖南省药物安全评价中心、湘潭市中心医院等20多家科研机构、医院、联合建立教学实践实习基地。相继柔性聘请40名行业专家走进课堂，为学生传授药学文化和科技新进展。学院共培养12706毕业生，截至目前有371名博士，2983名硕士，自主创业370余人。