基础医学院成立于2014年，其前身基础医学系成立于2004年，2010年开始设置生物技术专业，2021年开设生物医学工程专业。多年来,以学科建设为龙头，专业建设为重点，教学与科研相互促进，紧跟学科前沿，夯实各学科专业基础，始终坚持以服务区域经济为根本宗旨，以人民健康事业为出发点。建立了基础生物学、应用生物学、人体解剖学、生理学、病理学、病理生理学等12个教研室以及机能学、形态学、生物化学与分子生物学、显微教学实验中心等6个实验中心，总面积达30000多平方米，总资产达4200多万元，构建了国内先进的数码显微互动中心和基础医学虚拟仿真实验中心，搭建了大学生创新性实验训练中心和科研平台。

学院现有教师176人，其中正高职称9人，副高级职称48人，高级职称教师占32.3%；博士59人，硕士78人，硕士以上比例为77.0%。其中湖南省“121”创新人才工程3人，长沙市创新培养计划2人。近年来，学院为充实和丰富教师队伍，柔性引进5位专业带头人和学科带头人。现有省级重点建设学科1个（人体解剖学与组织胚胎学学科），湖南省应用特色学科1个（基础医学），省级一流课程8门（医学生物化学、断层解剖学、生理学、机能实验学等），省级在线精品课程1门（医学生物化学),省级虚拟仿真实验中心1个（基础医学虚拟仿真实验中心），省级示范实验室1个（机能学实验室），省级优秀教研室1个（人体解剖学教研室），省级教学团队1个（医学形态学教学团队），为保证人才培养质量提供有力支撑。

近年来，学院教师获国家、省级自然科学基金11项，省厅级科研项目75项，获批专利72项，发表教改科研论文900余篇，其中SCI收录100余篇。教师指导学生创新性课题324项，其中国家级立项13项，省级立项55项；培养国家级大学生“自强之星”1人，第九届大学生年度人物候选人1名，第十届大学生年度人物候选人1名，全国大学生“挑战杯”创新大赛三等奖1项，共指导学生获国家、省部级奖项128项。