图书馆实行校长领导下的馆长负责制，馆长、副馆长及各部主任由学校任命。

馆长在校长、主管副校长的领导下主持图书馆工作。图书馆设有管理部、资源建设部、流通阅览部、信息技术部、参考咨询部、阅读推广部、图书馆学生管理委员会。

管理部：对全馆的行政工作和业务工作进行规划、决策、指挥、协调和监督，确定本馆的机构设置并明确相应的岗位职责；负责的日常行政工作及组织全馆的活动和会议，接待来访，内外联系；印鉴和介绍信的使用；业务工作统计；文书档案整理；馆舍的管理及维修；全馆设备、家具等的请购和台帐管理；各种经费的财务管理、办理各项财务手续；安全保卫和环境卫生管理等工作。 

资源建设部：负责各类文献资源的建设工作。包括：中外文纸质电子图书采购、数字资源采购、验收、加工、分类、编目、典藏等工作。

流通阅览部：负责各书库、阅览室的馆藏文献的流通服务和日常管理工作。

信息技术部：负责图书馆智慧化、信息化建设，对全馆硬、软件设备、网络系统、图书馆门户进行维护、更新等工作。

参考咨询部：负责开展各类咨询服务工作，包括解答读者利用图书馆文献信息方面的问题；开展定题检索、查收查引、资源导航、个性化信息推送、科研竞争力评价及学科发展态势分析等学科化服务工作。

阅读推广部：负责制订阅读推广规划和开展阅读推广活动，长沙医学院图书馆学生管理委员会工作的指导和管理工作，图书馆各项宣传工作。 

图书馆学生管理委员会：在校团委和图书馆的指导下，参与图书馆管理、服务、宣传、教育工作。